La Cour des comptes, dans un rapport consacré à « la reconnaissance des maladies professionnelles » paru le 2 juillet 2025, alerte sur un dispositif de reconnaissance des maladies professionnelles complexe, inégal et insuffisamment piloté. Sous-déclarations massives, disparités territoriales, manque de données dans la fonction publique et atteintes au secret médical fragilisent la confiance et la performance du système.

Les magistrats de la Cour des comptes dénoncent une procédure d’indemnisation longue, difficile à comprendre et décourageante pour les victimes, quel que soit le régime (général, agricole ou fonction publique). Les tableaux de maladies professionnelles, pourtant pivot du système, restent mal actualisés et ne couvrent pas les risques psychosociaux alors en forte progression. La voie complémentaire, qui permet un examen au cas par cas, se trouve saturée.
Résultat : la sous-déclaration des maladies professionnelles demeure massive, transférant une charge croissante à la branche maladie déjà déficitaire.

Parmi les 87 000 maladies professionnelles reconnues en 2023, près de 90 % relèvent de troubles musculosquelettiques. Les pathologies psychosociales progressent fortement et restent sous-reconnues. La Cour des comptes souligne le frein que représente la procédure administrative, encore peu numérisée, pour les salariés comme pour les médecins qui maîtrisent difficilement un dispositif jugé « impraticable ». Ce manque de visibilité entretient une gestion réactive plutôt que préventive, avec un impact direct sur la performance des entreprises et des administrations.

La Cour des comptes constate des écarts « non expliqués » dans les taux de reconnaissance selon les départements. Les rejets fluctuent du simple au double, sans que la nature des pathologies ou la taille des caisses n’apporte d’explication. Bretagne et Pays de la Loire apparaissent nettement plus favorables aux victimes, tandis que d'autres territoires rejettent massivement. Les barèmes d’incapacité diffèrent également d’une caisse à l’autre, créant une inégalité de traitement préjudiciable à l’équité nationale.

La Cour des comptes appelle à une refonte ambitieuse : numériser les procédures, réviser les tableaux pour intégrer les risques émergents, renforcer la collecte des données, harmoniser les pratiques territoriales et garantir la protection des informations médicales. La prévention des risques professionnels et la confiance des salariés exigent une réponse urgente, structurée et équitable.